Из исходного кода страницы не пропала ссылка на xmlrpc.php

Скорей всего ссылка жестко прописана в коде, попробуйте открыть Внешний вид > Редактор, открыть файл Заголовок (header.php) и найти в нем строчку с xmlrpc.php. Если такой строчки нет, напишите нам в поддержку, предоставив доступ в админку.