Наши темы не включают в себя функционал Clearfy Pro. Дело в том, что СЕО оптимизация, удаление дублей, защита сайта и т.д. — это все задачи для плагина. Простой пример — Вы решили сменить тему и моментально на сайте у Вас появляются дубли, падает оптимизация, ломается защита сайта. Файл functions.php Вашей темы служит в первую очередь для работы с внешним видом самой темы. Все попытки перенести функционал плагинов в тему никак не влияют на скорость работы, только ограничивают.